具有很強的增殖能力和多向分化潛能，在體內(nèi)外合適的環(huán)境中能夠分化為肌細胞、肝細胞、成骨細胞、脂肪細胞、軟骨細胞、基質(zhì)細胞等細胞。

具有免疫調(diào)節(jié)功能，通過細胞間的相互作用和細胞因子的產(chǎn)生，可以抑制T細胞的增殖及其免疫反應(yīng)，從而發(fā)揮免疫重建的功能。

具有來源方便、易于分離、培養(yǎng)、擴增和純化的優(yōu)點，經(jīng)多次傳代和擴增后仍具有干細胞的特性，不具有免疫排斥的特性。

體內(nèi)產(chǎn)生炎癥損傷，當(dāng)它們釋放炎癥信號時，間充質(zhì)干細胞會持續(xù)分泌相關(guān)的抗炎分子和抗凋亡分子，形成一個微環(huán)境，以促進體內(nèi)組織修復(fù)和再生。

間充質(zhì)干細胞是一種滋養(yǎng)層細胞，可能存在于所有組織中，支持多種細胞的生存和生長，包括造血細胞、胚胎干細胞、腫瘤細胞、神經(jīng)細胞、肝細胞、內(nèi)皮細胞等。

間充質(zhì)干細胞可以抑制移植物抗宿主反應(yīng)，促進造血干細胞植入，減少細胞或器官移植后的免疫排斥反應(yīng)。

異基因間充質(zhì)干細胞可以在必要時直接參與組織分化和修復(fù)。完成任務(wù)后，它們逐漸被內(nèi)源性組織細胞取代，不會在體內(nèi)停留很長時間。

間充質(zhì)干細胞是維持組織功能的基礎(chǔ)。任何疾病都與間充質(zhì)干細胞直接相關(guān)：各種物理、化學(xué)和生物因素直接或間接作用于組織支架和干細胞微環(huán)境，導(dǎo)致?lián)p傷、感染、過敏、壞死、免疫力下降、內(nèi)分泌紊亂、神經(jīng)系統(tǒng)紊亂、衰老、癌癥等。

只有間充質(zhì)干細胞才能有組織發(fā)生：單細胞生物只有集落，原腸胚階段的生物體有內(nèi)胚層和外胚層，但仍然沒有組織分化，每個細胞都可以獨立生存；當(dāng)生命進化或發(fā)展到三胚層階段時，真正的組織誕生，間充質(zhì)干細胞起源于中胚層。

間充質(zhì)干細胞可以分泌一種稱為hCAP-18/LL37的抗菌肽，具有抗菌作用。

間充質(zhì)干細胞易于體外擴增，具有多種潛能。它們有望成為組織工程、細胞重編程和細胞轉(zhuǎn)分化的理想起始材料。

間充質(zhì)干細胞與血管有關(guān)，存在于身體的所有組織、組織液和分泌物中：骨髓間充質(zhì)干細胞、臍帶干細胞、脂肪干細胞、子宮內(nèi)膜干細胞、外周血干細胞、毛囊干細胞、牙髓干細胞、粘膜干細胞、羊膜干細胞、母乳干細胞、尿液干細胞等等，它們都含有或本身就是間充質(zhì)干細胞。

可修復(fù)血管纖維化、肝纖維化、肺纖維化等。

間充質(zhì)干細胞可能有自己的開/關(guān)調(diào)節(jié)機制，而這種調(diào)節(jié)機制的關(guān)鍵可能是體內(nèi)是否存在炎癥信號。

間充質(zhì)干細胞是組織的建設(shè)者和功能維持者：間充質(zhì)干細胞負責(zé)在組織形態(tài)發(fā)生中構(gòu)建支架，分化為骨、軟骨、脂肪和纖維等結(jié)締組織，并形成器官發(fā)育的框架結(jié)構(gòu)；此外，間充質(zhì)干細胞可以分泌數(shù)十種因子，為各種分化細胞提供營養(yǎng)。

異基因移植間充質(zhì)干細胞主要通過分泌細胞因子調(diào)節(jié)微環(huán)境，激活內(nèi)源性干細胞在組織修復(fù)中發(fā)揮作用。

間充質(zhì)干細胞是各種細胞生態(tài)位的構(gòu)建者和維護者：體內(nèi)的各種細胞只有在一個獨特的生態(tài)位中才能發(fā)揮正常作用。間充質(zhì)干細胞負責(zé)構(gòu)建各種生態(tài)位并分泌維持其功能所需的各種因子，如肌肉細胞生態(tài)位、神經(jīng)細胞生態(tài)位、造血干細胞生態(tài)位、上皮細胞包生態(tài)位、腫瘤細胞生態(tài)位等；另一方面，間充質(zhì)干細胞也通過免疫調(diào)節(jié)隔離不同的生態(tài)位，以避免不同生態(tài)位之間的沖突。